德国科研的资助形式与机构设置一样丰富。联邦制使得联邦和各州可以自主选择合作或者分别在各自职权范围内资助科研活动。也正因如此，许多大型科研机构是由联邦和各州共同资助的。

联邦层面的科研资助分两方面：由联邦教育和科研部(BMBF)负责科学政策和科学战略协调;由联邦经济与技术部(BMWi)负责创新政策和工业科研。此外还有其他联邦部门在各自职能范围内进行研究活动。这种模式也被各州效仿。州政府实施各自的研发战略，对大学也起着指导性的作用。

研究资助执行机构有：联邦教育和科研部自身，它运行着众多项目;德国科学基金会(DFG)，主要资助高校及科研机构科研活动，有精英计划(Exzellenzinitiative)等项目。它促进了科研在德国的地位、青年学者的培养以及国际合作。

德意志学术交流中心作为德国高校的联合组织，也资助国际学术交流，并促进国际研究合作。其任务重点在于通过发放奖学金培养青年学者，促进机构间合作。其资金主要由德国联邦教育和科研部以及德国联邦外交部提供。

亚历山大.冯洪堡基金会(Alexander von Humboldt-Stiftung)同样为科研人员提供资助，其宗旨是为外国高水平学者提供在德国从事科学研究的机会，并保持和维系由此建立起来的学术联系。